Учёный совет является коллегиальным органом, осуществляющим общее руководство университетом. Действующий учёный совет избран 14 декабря 2020 года на Конференции работников и обучающихся университета.
К компетенции учёного совета относится:
принятие решения о созыве конференции работников и обучающихся университета;
определение основных перспективных направлений развития университета, включая его образовательную и научную деятельность;
принятие локальных нормативных актов по основным вопросам организации и осуществления образовательной деятельности;
рассмотрение и принятие решений по вопросам образовательной, научно-исследовательской, информационно-аналитической и финансово-хозяйственной деятельности, а также по вопросам международного сотрудничества университета;
утверждение плана фундаментальных, прикладных и поисковых научных исследований, выполняемых университетом в соответствии с государственным заданием;
утверждение планов работы учёного совета университета;
принятие решения о создании и ликвидации структурных подразделений, осуществляющих образовательную и научную (научно-исследовательскую) деятельность;
утверждение положений о филиалах и иных образовательных и научно-исследовательских структурных подразделениях;
утверждение положений о кафедрах и других структурных подразделениях, обеспечивающих практическую подготовку обучающихся, создаваемых на базе иных организаций;
рассмотрение отчётов руководителей структурных подразделений;
принятие решения о создании попечительского совета, утверждение его состава и регламента работы;
рассмотрение кандидатур и представление работников университета к присвоению учёных званий;
рассмотрение вопросов о представлении работников к награждению государственными наградами и присвоению им почётных званий;
присуждение почётных званий университета;
утверждение положений, регулирующих вопросы стипендиального обеспечения;
выдвижение студентов и аспирантов на стипендии Президента Российской Федерации и стипендии Правительства Российской Федерации, а также именные стипендии;
избрание президента университета;
утверждение учебных планов по специальностям и направлениям подготовки;
принятие решений по другим вопросам, отнесенным к компетенции учёного совета университета, в соответствии с законодательством Российской Федерации, Уставом и локальными нормативными актами университета.
Безбородов Юрий Николаевич Заведующий кафедрой топливообеспечения и горюче-смазочных материалов Института нефти и газа, доктор технических наук, профессор;
Безкоровайная Ирина Николаевна Заведующий кафедрой экологии и природопользования Института экологии и географии, доктор биологических наук, доцент;
Близневский Александр Юрьевич Директор Института физической культуры, спорта и туризма, доктор педагогических наук, профессор;
Бухарова Евгения Борисовна Директор Института экономики, государственного управления и финансов, кандидат экономических наук, доцент;
Вайнштейн Юлия Владимировна Доцент кафедры прикладной математики и компьютерной безопасности Института космических и информационных технологий, доктор педагогических наук, доцент;
Васильева Зоя Андреевна Директор Института управления бизнес-процессами, доктор экономических наук, профессор;
Витковская Людмила Константиновна Доцент кафедры управления человеческими ресурсами Института экономики, государственного управления и финансов, кандидат экономических наук, доцент;
Гергилёв Денис Николаевич Ведущий научный сотрудник ФИЦ КНЦ СО РАН, заведующий кафедры истории России, мировых и региональных цивилизаций, доктор исторических наук, доцент;
Гладышев Михаил Иванович Заведующий кафедрой водных и наземных экосистем Института фундаментальной биологии и биотехнологии, доктор биологических наук, член-корреспондент РАН;
Головёнкин Евгений Николаевич Главный учёный секретарь Научно-технического совета ОАО «Информационные спутниковые системы им. акад. М.Ф. Решетнева», доктор технических наук, профессор;
Головченко Антон Евгеньевич Доцент кафедры технологии и техники разведки Института горного дела, геологии и геотехнологии;
Дубровская Ольга Геннадьевна Доцент кафедры инженерных систем зданий и сооружений Инженерно-строительного института, кандидат технических наук, доцент;
Еремин Сергей Васильевич Депутат Государственной Думы Федерального Собрания Российской Федерации;
Еремина Екатерина Владимировна Заведующий отделением иностранных языков Института филологии и языковой коммуникации, кандидат педагогических наук, доцент;
Истомина Светлана Анатольевна Заведующий кафедрой дизайна архитектурной среды Института архитектуры и дизайна, кандидат архитектуры, доцент;
Капулин Денис Владимирович Директор Института космических и информационных технологий, кандидат технических наук, доцент;
Качур Нина Францевна Заведующий кафедрой гражданского права Юридического института, кандидат юридических наук, доцент;
Куликова Людмила Викторовна Директор Института филологии и языковой коммуникации, доктор филологических наук, профессор, член-корреспондент РАО;
Левицкий Алексей Александрович Заведующий кафедрой приборостроения и наноэлектроники Института инженерной физики и радиоэлектроники, кандидат физико-математических наук, доцент;
Волкова Олеся Владимировна Директор Института педагогики, психологии и социологии, доктор психологических наук, доцент;
Полютов Сергей Петрович Директор Международного научного центра спектроскопии и квантовой химии, ведущий научный сотрудник, доктор философии — PhD (биотехнологии), кандидат физико-математических наук (оптика и спектроскопия);
Ростовцева Марина Викторовна Профессор кафедры психологии развития и консультирования Института педагогики, психологии и социологии, доктор философских наук, доцент;
Руйга Ирина Рудольфовна Заведующий кафедрой экономической и финансовой безопасности Института управления бизнес-процессами, кандидат экономических наук, доцент;
Сидельников Сергей Борисович Профессор кафедры обработки металлов давлением Института цветных металлов и материаловедения, доктор технических наук, профессор;
Усс Александр Викторович Член Совета Федерации Федерального Собрания Российской Федерации, президент СФУ, доктор юридических наук, профессор;
Фирюлина Наталия Вячеславовна Председатель Красноярского городского Совета депутатов, внештатный советник президента СФУ;
Храмова Людмила Николаевна Директор Лесосибирского педагогического института – филиала СФУ, кандидат экономических наук, доцент;
Цих Август Карлович Заведующий кафедрой теории функций Института математики и фундаментальной информатики, доктор физико-математических наук, профессор;
Черепанова Ольга Николаевна Директор Института математики и фундаментальной информатики, кандидат физико-математических наук, доцент;
Шайдуров Владимир Викторович Научный руководитель научного направления «Математическое моделирование» ФИЦ КНЦ СО РАН, доктор физико-математических наук, член-корреспондент РАН;