Состав Попечительского совета был утвержден на заседании Учёного совета СФУ 26 ноября 2012 года:
- Медведев Д. А. — Председатель Правительства РФ, Председатель Попечительского совета (до 15 января 2020 года);
- Балыхин Г. А. — депутат Государственной Думы Федерального Собрания РФ;
- Булаев Н. И. — заместитель председателя Центризбиркома РФ;
- Дворкович А. В. — председатель совета директоров ОАО «РЖД», председатель Фонда «Сколково»;
- Дерипаска О. В. — предприниматель;
- Добрецов Н. Л. — академик РАН;
- Дягилев М. В. — генеральный директор ОАО «Красцветмет»;
- Котюков М. М. — Министр науки и высшего образования Российской Федерации (до 15 января 2020 года);
- Новак А. В. — заместитель председателя правительства РФ;
- Титов Б. Ю. — уполномоченный при Президенте РФ по защите прав предпринимателей;
- Толоконский В. А. — губернатор Красноярского края (до 29 сентября 2017 года);
- Усс А. В. — губернатор Красноярского края, президент СФУ;
- Фурсенко А. А. — помощник Президента РФ;
- Хлопонин А. Г. — заместитель председателя правительства Российской Федерации (до 7 мая 2018 г.);
- Шабайкин В. В. — первый заместитель Председателя Правления ОАО АКБ «Международный финансовый клуб»;
- Щедровицкий П. Г. — член правления фонда «Центр стратегических разработок „Северо-Запад“»;