Шаров Вадим Витальевич

Шаров Вадим Витальевич
e-mail: vsharov [at] sfu-kras [dot] ru
телефон: +7 960 770-35-00

Место работы

Образование

  • Сибирский федеральный университет, программное обеспечение вычислительной техники и автоматизированных систем (специалитет), 2014 г.;
  • Сибирский федеральный университет, информатика и вычислительная техника (магистратура), 2016 г.

Научные направления

  • биоинформатика;
  • геномные исследования;
  • информационные технологии;
  • обработка больших данных.

Преподаваемые дисциплины

  • Гибридные вычислительные системы.

Стаж работы

  • общий — 6 лет
  • по специальности — 6 лет

Публикации

  1. Assembling of the Siberian larch mitochondrial genome using long nucleotide sequence reads, the largest currently known mitogenome : доклад, тезисы доклада [доклад, тезисы доклада, статья из сборника материалов конференций]
    Putintseva Y. A., Bondar E. I., Sharov V. V., Simonov E. P., Oreshkova N. V., Kuzmin D. A., Sadovsky M. G., Krutovsky K. V., Eds. A. V. Kochetov, E. A. Salina; Institute of Cytology and Genetics, Siberian Branch of the Russian Academy of Sciences;
    2019, Plant Genetics, Genomics, Bioinformatics, and Biotechnology (PlantGen2019)
  2. Моделирование работы NGS секвенатора для сравнения ассемблеров [доклад, тезисы доклада, статья из сборника материалов конференций]
    Кобец В. А., Ходос Г. А., Шаров В. В.
    2019, МНСК-2019: БИОЛОГИЯ
  3. Постгеномные технологии в практическом лесном хозяйстве: разработка полногеномных маркеров для идентификации происхождения древесины и других задач [статья из журнала]
    Крутовский Константин Валериевич, Путинцева Юлия Андреевна, Орешкова Наталья Викторовна, Бондар Евгения Ивановна, Шаров Вадим Витальевич, Кузмин Дмитрий Александрович
    2019, Лесотехнический журнал
  4. Development of Nuclear Microsatellite Markers with Long (Tri-, Tetra-, Penta-, and Hexanucleotide) Motifs for Three Larch Species Based on the de novo Whole Genome Sequencing of Siberian Larch (Larix sibirica Ledeb.) [статья из журнала]
    2019, RUSSIAN JOURNAL OF GENETICS
  5. Reads in NGS Are Distributed over a Sequence Very Inhomogeneously [доклад, тезисы доклада, статья из сборника материалов конференций]
    Sadovsky M., Kobets V., Khodos G., Kuzmin D., Sharov V.
    2019, Lecture Notes in Computer Science (including subseries Lecture Notes in Artificial Intelligence and Lecture Notes in Bioinformatics)
  6. Mobile genetic elements explain size variation in the mitochondrial genomes of four closely-related Armillaria species [статья из журнала]
    Kolesnikova Anna, Putintseva Yuliya A., Simonov Evgeniy P., Biriukov Vladislav V., Oreshkova Natalya, Pavlov Igor N., Sharov Vadim V., Kuzmin Dmitry A., Anderson James B., Krutovsky Konstantin
    2019, BMC Genomics
  7. Разработка ядерных микросателлитных маркеров с длинными (трех-, четырех-, пяти- и шестинуклеотидными) мотивами для трех видов лиственницы на основе полногеномного de novo секвенирования лиственницы сибирской (Larix sibirica Ledeb.) : научное издание [статья из журнала]
    2019, Генетика
  8. Stepwise large genome assembly approach: a case of Siberian larch (Larix sibirica Ledeb) : материалы временных коллективов [доклад, тезисы доклада, статья из сборника материалов конференций]
    Kuzmin Dmitry A., Feranchuk Sergey I., Sharov Vadim V., Cybin Alexander N., Makolov Stepan V., Putintseva Yuliya A., Oreshkova Natalya V., Krutovsky Konstantin V.
    2019, BMC BIOINFORMATICS
  9. De novo sequencing, assembly and annotation of Armillaria borealis genome [доклад, тезисы доклада, статья из сборника материалов конференций]
    Akulova V., Sharov V., Putintseva Yu., Oreshkova N., Feranchuk S., Kuzmin D., Pavlov I., Krutovsky K.
    2018, Integrative Bioinformatics and Systems Biology (WIBSB-2018)
  10. Sequencing and assembly of mitochondrial genomes in three conifer species Larix sibirica, Pinus sibirica and Pinus sylvestris [доклад, тезисы доклада, статья из сборника материалов конференций]
    Bondar E., Kirichenko A., Sharov V., Putintseva Yu., Oreshkova N., Feranchuk S., Konstantinov Yu., Shmakov V., Belkov V., Kuzmin D., Sadovsky S., Krutovsky K.
    2018, Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology (BGRS\SB-2018)
Показать все публикации
  1. Genomes of three conifer species: Larix sibirica, Pinus sibirica and Pinus sylvestris [доклад, тезисы доклада, статья из сборника материалов конференций]
    Putintseva Yu., Sharov V., Kuzmin D., Oreshkova N., Feranchuk S., Biryukov V., Novikova S., Miroshnikova K., Makolov S., Sadovsky M., Krutovsky K.
    2018, Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology (BGRS\SB-2018)
  2. Evolution of mitochondrial genomes in three closely-related Armillaria species [доклад, тезисы доклада, статья из сборника материалов конференций]
    2018, Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology (BGRS\SB-2018)
  3. Genome de novo sequencing, assembly and functional annotation of pathogenic fungi Armillaria borealis [доклад, тезисы доклада, статья из сборника материалов конференций]
    Akulova V., Sharov V., Putintseva Yu., Oreshkova N., Feranchuk S., Kuzmin D., Pavlov I., Krutovsky K.
    2018, Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology (BGRS\SB-2018)
  4. О ЗАДАЧЕ ИМИТАЦИОННОГО МОДЕЛИРОВАНИЯ РАБОТЫ СЕКВЕНАТОРА NGS : доклад, тезисы доклада [доклад, тезисы доклада, статья из сборника материалов конференций]
    Шаров В. В., Кобец В. А., Кузьмин Д. А., Ходос Г. А., Садовский М. Г., Под редакцией А. Н. Горбаня. Ответственный за выпуск М. Ю. Сенашова
    2018, Нейроинформатика, её приложения и анализ данных
  5. Сборка митохондриального генома сосны сибирской кедровой (Pinus sibirica Du Tour) : доклад, тезисы доклада [доклад, тезисы доклада, статья из сборника материалов конференций]
    Кириченко А. Д., Бондар Е. И., Шаров В. В.
    2018, МНСК-2018: Биология
  6. СБОРКА И АННОТИРОВАНИЕ ГЕНОМА ЛИСТВЕННИЦЫ СИБИРСКОЙ : доклад, тезисы доклада [доклад, тезисы доклада, статья из сборника материалов конференций]
    2017, Высокопроизводительное секвенирование в геномике
  7. De novo assembling and primary analysis of genome and transcriptome of gray whale Eschrichtius robustus : научное издание [статья из журнала]
    Moskalev A. A., Kudryavtseva A. V., Graphodatsky A. S., Beklemisheva V. R., Serdyukova N. A., Krutovsky K. V., Sharov V. V., Kulakovskiy I. V., Lando A. S., Kasianov A. S., Kuzmin D. A., Putintseva Y. A., Feranchuk S. I., Shaposhnikov M. V., Fraifeld V. E., Toren D., Snezhkina A. V., Sitnik V. V.
    2017, BMC Evolutionary Biology
  8. РАЗРАБОТКА МИКРОСАТЕЛЛИТНЫХ МАРКЕРОВ ЛИСТВЕННИЦЫ СИБИРСКОЙ (Larix sibirica Ledeb.) НА ОСНОВЕ ПОЛНОГЕНОМНОГО de novo СЕКВЕНИРОВАНИЯ : научное издание [статья из журнала]
    2017, Генетика
  9. Development of Microsatellite Genetic Markers in Siberian Larch (Larix sibirica Ledeb.) Based on the de novo Whole Genome Sequencing : научное издание [статья из журнала]
    2017, RUSSIAN JOURNAL OF GENETICS
  10. ФУНКЦИОНАЛЬНАЯ АННОТАЦИЯ ГЕНОМА ЛИСТВЕННИЦЫ КАК ПОДХОД К ПРОЯСНЕНИЮ МЕХАНИЗМОВ ФОРМИРОВАНИЯ ВАЖНЫХ ГЕНЕТИЧЕСКИХ ПРИЗНАКОВ : доклад, тезисы доклада [доклад, тезисы доклада, статья из сборника материалов конференций]
    Феранчук Сергей Ильич, Шаров Вадим Витальевич, Путинцева Юлия Андреевна, Кузьмин Дмитрий Александрович, Орешкова Наталья Викторовна, Крутовский Константин Валерьевич, ГНПО НПЦ Национальной академии наук Беларуси по биоресурсам, Институт леса Национальной академии наук Беларуси, Министерство лесного хозяйства Республики Беларусь, Институт леса Национальной академии наук Беларуси
    2017, Сохранение лесных генетических ресурсов
  11. STUDY OF ARMILLARIA BOREALIS PATHOGENICITY BY THE COMPARATIVE WHOLE GENOME SEQUENCING : доклад, тезисы доклада [доклад, тезисы доклада, статья из сборника материалов конференций]
    2016, The tenth international conference on bioinformatics of genome regulation and structure\systems biology
  12. SEQUENCING OF CONIFER GENOMES USING NGS : доклад, тезисы доклада [доклад, тезисы доклада, статья из сборника материалов конференций]
    2016, The tenth international conference on bioinformatics of genome regulation and structure\systems biology
  13. Разработка микросателлитных маркеров сосны кедровой сибирской (italicPinus sibirica/italic Du Tour) по результатам полногеномного italicde novo/italic секвенирования : научное издание [статья из журнала]
    Белоконь М. М., Кузьмин Д. А., Крутовский К. В., Политов Д. В., Мудрик Е. А., Полякова Т. А., Шатохина А. В., Белоконь Ю. С., Орешкова Н. В., Путинцева Ю. А., Шаров В. В.
    2016, Генетика
  14. ПАРАЛЛЕЛЬНЫЙ АЛГОРИТМ ФИЛЬТРАЦИИ ПОВТОРОВ В ДАННЫХ NGS ILLUMINA : научное издание [статья из журнала]
    Цыбин Александр Николаевич, Шаров Вадим Витальевич, Путинцева Юлия Андреевна, Феранчук Сергей Ильич, Кузьмин Дмитрий Александрович
    2016, Доклады Академии наук высшей школы Российской Федерации
  15. Development of Microsatellite Genetic Markers in Siberian Stone Pine (Pinus sibirica Du Tour) Based on the de novo Whole Genome Sequencing [статья из журнала]
    Belokon M. M., Politov D. V., Mudrik E. A., Polyakova T. A., Shatokhina A. V., Belokon Yu. S., Oreshkova N. V., Putintseva Yu. A., Sharov V. V., Kuzmin D. A., Krutovsky K. V.
    2016, RUSSIAN JOURNAL OF GENETICS
  16. CHALLENGES OF ASSEMBLING HUGE CONIFER GENOMES : доклад, тезисы доклада [доклад, тезисы доклада, статья из сборника материалов конференций]
    2015, Plant Genetics, Genomics, Bioinformatics and Biotechnology
  17. THE WHOLE DE NOVO GENOME SEQUENCING AND ASSEMBLY OF SIBERIAN LARCH (LARIX SIBIRICA LEDEB.) AND SIBERIAN PINE (PINUS SIBIRICA DU TOUR.) : доклад, тезисы доклада [доклад, тезисы доклада, статья из сборника материалов конференций]
    2015, Plant Genetics, Genomics, Bioinformatics and Biotechnology
  18. DE NOVO SEQUENCING OF CONIFER MEGAGENOMES : доклад, тезисы доклада [доклад, тезисы доклада, статья из сборника материалов конференций]
    Krutovsky K. V., Oreshkova N. V., Putintseva Yu. A., Kuzmin D. A., Sharov V. V., Biryukov V. V., Makolov S. V., Deych K. O., Bondar E. I., Ushakova O. A., Ibe A. A., Shilkina E. A.
    2015, Plant Genetics, Genomics, Bioinformatics and Biotechnology

Гранты

  • Геномные исследования основных бореальных лесообразующих хвойных видов и их наиболее опасных патогенов в Российской Федерации
    № 14.Y26.31.000

Авторские свидетельства

  • Программный комплекс по подготовке ридов NGS Illumina к ассемблированию. № 2015619381, дата регистрации 01.09.2015 г. Авторы: Шаров Вадим Витальевич, Цыбин Александр Николаевич, Маколов Степан Викторович, Кузьмин Дмитрий Александрович.
  • Программный комплекс для определения размера библиотек (insert size) парных ридов NGS Illumina. №2015662065, дата регистрации 16.11.2015 г. Авторы: Шаров Вадим Витальевич, Путинцева Юлия Андреевна, Кузьмин Дмитрий Александрович.
  • Программа индексирования геномных последовательностей большого размера методом «FM-index» на графических ускорителях. № 2016663584, дата регистрации 13.12.2016 г. Авторы: Шаров Вадим Витальевич, Путинцева Юлия Андреевна, Кузьмин Дмитрий Александрович.
  • Комплекс предобработки ридов NGS. №2017610541, дата регистрации 12.01.2017 г. Авторы: Шаров Вадим Витальевич, Маколов Степан Викторович, Кузьмин Дмитрий Александрович.

Список публикаций выше сформирован в автоматическом режиме. Сообщите, если заметили неточности.

Вы можете отметить интересные фрагменты текста, которые будут доступны по уникальной ссылке в адресной строке браузера.