Шаров Вадим Витальевич

Шаров Вадим Витальевич

Место работы

Научные направления

  • биоинформатика;
  • геномные исследования;
  • информационные технологии;
  • обработка больших данных.

Публикации

  1. Моделирование работы NGS секвенатора для сравнения ассемблеров [доклад, тезисы доклада, статья из сборника материалов конференций]
    Кобец В. А., Ходос Г. А., Шаров В. В.
    2019, МНСК-2019: БИОЛОГИЯ
  2. Постгеномные технологии в практическом лесном хозяйстве: разработка полногеномных маркеров для идентификации происхождения древесины и других задач [статья из журнала]
    Крутовский Константин Валериевич, Путинцева Юлия Андреевна, Орешкова Наталья Викторовна, Бондар Евгения Ивановна, Шаров Вадим Витальевич, Кузмин Дмитрий Александрович
    2019, Лесотехнический журнал
  3. Development of Nuclear Microsatellite Markers with Long (Tri-, Tetra-, Penta-, and Hexanucleotide) Motifs for Three Larch Species Based on the de novo Whole Genome Sequencing of Siberian Larch (Larix sibirica Ledeb.) [статья из журнала]
    2019, RUSSIAN JOURNAL OF GENETICS
  4. Reads in NGS Are Distributed over a Sequence Very Inhomogeneously [доклад, тезисы доклада, статья из сборника материалов конференций]
    Sadovsky M., Kobets V., Khodos G., Kuzmin D., Sharov V.
    2019, Lecture Notes in Computer Science (including subseries Lecture Notes in Artificial Intelligence and Lecture Notes in Bioinformatics)
  5. Mobile genetic elements explain size variation in the mitochondrial genomes of four closely-related Armillaria species [статья из журнала]
    Kolesnikova Anna, Putintseva Yuliya A., Simonov Evgeniy P., Biriukov Vladislav V., Oreshkova Natalya, Pavlov Igor N., Sharov Vadim V., Kuzmin Dmitry A., Anderson James B., Krutovsky Konstantin
    2019, BMC Genomics
  6. Разработка ядерных микросателлитных маркеров с длинными (трех-, четырех-, пяти- и шестинуклеотидными) мотивами для трех видов лиственницы на основе полногеномного de novo секвенирования лиственницы сибирской (Larix sibirica Ledeb.) [статья из журнала]
    2019, Генетика
  7. De novo sequencing, assembly and annotation of Armillaria borealis genome [доклад, тезисы доклада, статья из сборника материалов конференций]
    Akulova V., Sharov V., Putintseva Yu., Oreshkova N., Feranchuk S., Kuzmin D., Pavlov I., Krutovsky K.
    2018
  8. Sequencing and assembly of mitochondrial genomes in three conifer species Larix sibirica, Pinus sibirica and Pinus sylvestris [доклад, тезисы доклада, статья из сборника материалов конференций]
    Bondar E., Kirichenko A., Sharov V., Putintseva Yu., Oreshkova N., Feranchuk S., Konstantinov Yu., Shmakov V., Belkov V., Kuzmin D., Sadovsky S., Krutovsky K.
    2018, Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology (BGRS\SB-2018)
  9. Genomes of three conifer species: Larix sibirica, Pinus sibirica and Pinus sylvestris [доклад, тезисы доклада, статья из сборника материалов конференций]
    Putintseva Yu., Sharov V., Kuzmin D., Oreshkova N., Feranchuk S., Biryukov V., Novikova S., Miroshnikova K., Makolov S., Sadovsky M., Krutovsky K.
    2018, Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology (BGRS\SB-2018)
  10. Evolution of mitochondrial genomes in three closely-related Armillaria species [доклад, тезисы доклада, статья из сборника материалов конференций]
    2018, Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology (BGRS\SB-2018)
Показать все публикации
  1. Genome de novo sequencing, assembly and functional annotation of pathogenic fungi Armillaria borealis [доклад, тезисы доклада, статья из сборника материалов конференций]
    Akulova V., Sharov V., Putintseva Yu., Oreshkova N., Feranchuk S., Kuzmin D., Pavlov I., Krutovsky K.
    2018, Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology (BGRS\SB-2018)
  2. О ЗАДАЧЕ ИМИТАЦИОННОГО МОДЕЛИРОВАНИЯ РАБОТЫ СЕКВЕНАТОРА NGS [доклад, тезисы доклада, статья из сборника материалов конференций]
    Шаров В. В., Кобец В. А., Кузьмин Д. А., Ходос Г. А., Садовский М. Г.
    2018, Нейроинформатика, её приложения и анализ данных
  3. Сборка митохондриального генома сосны сибирской кедровой (Pinus sibirica Du Tour) [доклад, тезисы доклада, статья из сборника материалов конференций]
    Кириченко А. Д., Бондар Е. И., Шаров В. В.
    2018, МНСК-2018: Биология
  4. СБОРКА И АННОТИРОВАНИЕ ГЕНОМА ЛИСТВЕННИЦЫ СИБИРСКОЙ [доклад, тезисы доклада, статья из сборника материалов конференций]
    2017, Высокопроизводительное секвенирование в геномике
  5. De novo assembling and primary analysis of genome and transcriptome of gray whale Eschrichtius robustus [статья из журнала]
    Moskalev A. A., Kudryavtseva A. V., Graphodatsky A. S., Beklemisheva V. R., Serdyukova N. A., Krutovsky K. V., Sharov V. V., Kulakovskiy I. V., Lando A. S., Kasianov A. S., Kuzmin D. A., Putintseva Y. A., Feranchuk S. I., Shaposhnikov M. V., Fraifeld V. E., Toren D., Snezhkina A. V., Sitnik V. V.
    2017, BMC Evolutionary Biology
  6. РАЗРАБОТКА МИКРОСАТЕЛЛИТНЫХ МАРКЕРОВ ЛИСТВЕННИЦЫ СИБИРСКОЙ (Larix sibirica Ledeb.) НА ОСНОВЕ ПОЛНОГЕНОМНОГО de novo СЕКВЕНИРОВАНИЯ [статья из журнала]
    2017, Генетика
  7. Development of Microsatellite Genetic Markers in Siberian Larch (Larix sibirica Ledeb.) Based on the de novo Whole Genome Sequencing [статья из журнала]
    2017, RUSSIAN JOURNAL OF GENETICS
  8. ФУНКЦИОНАЛЬНАЯ АННОТАЦИЯ ГЕНОМА ЛИСТВЕННИЦЫ КАК ПОДХОД К ПРОЯСНЕНИЮ МЕХАНИЗМОВ ФОРМИРОВАНИЯ ВАЖНЫХ ГЕНЕТИЧЕСКИХ ПРИЗНАКОВ [доклад, тезисы доклада, статья из сборника материалов конференций]
    2017, Сохранение лесных генетических ресурсов
  9. Разработка микросателлитных маркеров сосны кедровой сибирской (italicPinus sibirica/italic Du Tour) по результатам полногеномного italicde novo/italic секвенирования [статья из журнала]
    Белоконь М. М., Кузьмин Д. А., Крутовский К. В., Политов Д. В., Мудрик Е. А., Полякова Т. А., Шатохина А. В., Белоконь Ю. С., Орешкова Н. В., Путинцева Ю. А., Шаров В. В.
    2016, Генетика
  10. ПАРАЛЛЕЛЬНЫЙ АЛГОРИТМ ФИЛЬТРАЦИИ ПОВТОРОВ В ДАННЫХ NGS ILLUMINA [статья из журнала]
    Цыбин Александр Николаевич, Шаров Вадим Витальевич, Путинцева Юлия Андреевна, Феранчук Сергей Ильич, Кузьмин Дмитрий Александрович
    2016, Доклады Академии наук высшей школы Российской Федерации
  11. Development of Microsatellite Genetic Markers in Siberian Stone Pine (Pinus sibirica Du Tour) Based on the de novo Whole Genome Sequencing [статья из журнала]
    Belokon M. M., Politov D. V., Mudrik E. A., Polyakova T. A., Shatokhina A. V., Belokon Yu. S., Oreshkova N. V., Putintseva Yu. A., Sharov V. V., Kuzmin D. A., Krutovsky K. V.
    2016, RUSSIAN JOURNAL OF GENETICS

Гранты

  • Геномные исследования основных бореальных лесообразующих хвойных видов и их наиболее опасных патогенов в Российской Федерации
    № 14.Y26.31.000

Авторские свидетельства

  • Программный комплекс по подготовке ридов NGS Illumina к ассемблированию. № 2015619381, дата регистрации 01.09.2015 г. Авторы: Шаров Вадим Витальевич, Цыбин Александр Николаевич, Маколов Степан Викторович, Кузьмин Дмитрий Александрович.
  • Программный комплекс для определения размера библиотек (insert size) парных ридов NGS Illumina. №2015662065, дата регистрации 16.11.2015 г. Авторы: Шаров Вадим Витальевич, Путинцева Юлия Андреевна, Кузьмин Дмитрий Александрович.
  • Программа индексирования геномных последовательностей большого размера методом «FM-index» на графических ускорителях. № 2016663584, дата регистрации 13.12.2016 г. Авторы: Шаров Вадим Витальевич, Путинцева Юлия Андреевна, Кузьмин Дмитрий Александрович.
  • Комплекс предобработки ридов NGS. №2017610541, дата регистрации 12.01.2017 г. Авторы: Шаров Вадим Витальевич, Маколов Степан Викторович, Кузьмин Дмитрий Александрович.

Список публикаций выше сформирован в автоматическом режиме. Сообщите, если заметили неточности.

Вы можете отметить интересные фрагменты текста, которые будут доступны по уникальной ссылке в адресной строке браузера.