e-mail: vsharov [at] sfu-kras [dot] ru
телефон: +7 960 770-35-00
адрес: ул. Киренского, 26, к. 1
Google Scholar: scholar.google.com/citations
SCOPUS: www.scopus.com
Место работы
- Лаборатория лесной геномики, научный сотрудник;
- Кафедра высокопроизводительных вычислений, старший преподаватель.
Образование
- Сибирский федеральный университет, программное обеспечение вычислительной техники и автоматизированных систем (специалитет), 2014 г.;
- Сибирский федеральный университет, информатика и вычислительная техника (магистратура), 2016 г.
Научные направления
- биоинформатика;
- геномные исследования;
- информационные технологии;
- обработка больших данных.
Преподаваемые дисциплины
- Гибридные вычислительные системы.
Стаж работы
- общий — 6 лет
- по специальности — 6 лет
Публикации
- Genetic Adaptation of Siberian Larch (Larix sibirica Ledeb.) to High Altitudes : научное издание [статья из журнала]2023, International Journal of Molecular Sciences
- Генетическая адаптация популяций лиственницы сибирской (Larix sibirica Ledeb.) к гетерогенной среде : доклад, тезисы доклада [доклад, тезисы доклада, статья из сборника материалов конференций]2023, Устойчивость растений и микроорганизмов к неблагоприятным факторам среды
- Изучение генетической адаптации в популяциях лиственницы сибирской (Larix sibirica Ledeb.) с использованием данных полногеномного генотипирования : доклад, тезисы доклада [доклад, тезисы доклада, статья из сборника материалов конференций]2022, Генетические процессы в популяциях
- Annotation of Siberian Larch (Larix sibirica Ledeb.) Nuclear Genome—One of the Most Cold-Resistant Tree Species in the Only Deciduous GENUS in Pinaceae [статья из журнала]2022, Plants
- ANNOTATION OF SIBERIAN LARCH REFERENCE GENOME, THE ONLY SEASONAL SENESCENCE GENUS IN PINACEAE : доклад, тезисы доклада [доклад, тезисы доклада, статья из сборника материалов конференций]2022, Высокопроизводительное секвенирование в геномике (HSG-2022)
- De Novo Transcriptome Assembly and Annotation of a New Plant Pathogenic Corinectria sp. Strain in Siberia : научное издание [статья из журнала]2022, Микология и фитопатология
- Comparative genomics analysis of repetitive elements in ten gymnosperm species: “dark repeatome” and its abundance in conifer and gnetum species [статья из журнала]2021, Life
- Annotation of Siberian larch genome draft assembly : доклад, тезисы доклада [доклад, тезисы доклада, статья из сборника материалов конференций]2021, Plant Genetics, Genomics, Bioinformatics, and Biotechnology
- Repetitive elements in the genome of Siberian larch (Larix sibirica Ledeb.) : доклад, тезисы доклада [доклад, тезисы доклада, статья из сборника материалов конференций]2020, BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE/SYSTEMS BIOLOGY (BGRS/SB-2020)
- Genome-wide prediction of transcription start site in four conifer species : доклад, тезисы доклада [доклад, тезисы доклада, статья из сборника материалов конференций]2020, BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE/SYSTEMS BIOLOGY (BGRS/SB-2020)
Показать все публикации
- Siberian larch (Larix sibirica Ledeb.) mitochondrial genome assembled using both short and long nucleotide sequence reads is currently the largest known mitogenome : научное издание [статья из журнала]2020, BMC GENOMICS
- De novo sequencing, assembly and functional annotation of Armillaria borealis genome [статья из журнала]2020, BMC genomics
- De novo transcriptome assembly of cold stressed clones of the hexaploid Sequoia sempervirens (D. Don) Endl.2020, Scientific Data
- Assembling of the Siberian larch mitochondrial genome using long nucleotide sequence reads, the largest currently known mitogenome : доклад, тезисы доклада [доклад, тезисы доклада, статья из сборника материалов конференций]2019, Plant Genetics, Genomics, Bioinformatics, and Biotechnology (PlantGen2019)
- Моделирование работы NGS секвенатора для сравнения ассемблеров [доклад, тезисы доклада, статья из сборника материалов конференций]2019, МНСК-2019: БИОЛОГИЯ
- Постгеномные технологии в практическом лесном хозяйстве: разработка полногеномных маркеров для идентификации происхождения древесины и других задач [статья из журнала]2019, Лесотехнический журнал
- Development of Nuclear Microsatellite Markers with Long (Tri-, Tetra-, Penta-, and Hexanucleotide) Motifs for Three Larch Species Based on the de novo Whole Genome Sequencing of Siberian Larch (Larix sibirica Ledeb.) [статья из журнала]2019, RUSSIAN JOURNAL OF GENETICS
- Reads in NGS Are Distributed over a Sequence Very Inhomogeneously [доклад, тезисы доклада, статья из сборника материалов конференций]2019, Lecture Notes in Computer Science (including subseries Lecture Notes in Artificial Intelligence and Lecture Notes in Bioinformatics)
- Mobile genetic elements explain size variation in the mitochondrial genomes of four closely-related Armillaria species [статья из журнала]2019, BMC Genomics
- Разработка ядерных микросателлитных маркеров с длинными (трех-, четырех-, пяти- и шестинуклеотидными) мотивами для трех видов лиственницы на основе полногеномного de novo секвенирования лиственницы сибирской (Larix sibirica Ledeb.) : научное издание [статья из журнала]2019, Генетика
- Stepwise large genome assembly approach: a case of Siberian larch (Larix sibirica Ledeb) : материалы временных коллективов [доклад, тезисы доклада, статья из сборника материалов конференций]2019, BMC BIOINFORMATICS
- Программа фильтрации избыточных последовательностей геномов в формате FASTA : регистрация программы для ЭВМ [патент]2018
- Программный комплекс мониторинга изменений в файловой системе под управлением операционной системы Linux : регистрация программы для ЭВМ [патент]2018
- Программный комплекс для объединения результатов поиска SNP в геномах : регистрация программы для ЭВМ [патент]2018
- De novo sequencing, assembly and annotation of Armillaria borealis genome [доклад, тезисы доклада, статья из сборника материалов конференций]2018, Integrative Bioinformatics and Systems Biology (WIBSB-2018)
- Sequencing and assembly of mitochondrial genomes in three conifer species Larix sibirica, Pinus sibirica and Pinus sylvestris [доклад, тезисы доклада, статья из сборника материалов конференций]2018, Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology (BGRS\SB-2018)
- Genomes of three conifer species: Larix sibirica, Pinus sibirica and Pinus sylvestris [доклад, тезисы доклада, статья из сборника материалов конференций]2018, Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology (BGRS\SB-2018)
- Evolution of mitochondrial genomes in three closely-related Armillaria species [доклад, тезисы доклада, статья из сборника материалов конференций]2018, Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology (BGRS\SB-2018)
- Genome de novo sequencing, assembly and functional annotation of pathogenic fungi Armillaria borealis [доклад, тезисы доклада, статья из сборника материалов конференций]2018, Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology (BGRS\SB-2018)
- О ЗАДАЧЕ ИМИТАЦИОННОГО МОДЕЛИРОВАНИЯ РАБОТЫ СЕКВЕНАТОРА NGS : доклад, тезисы доклада [доклад, тезисы доклада, статья из сборника материалов конференций]2018, Нейроинформатика, её приложения и анализ данных
- Сборка митохондриального генома сосны сибирской кедровой (Pinus sibirica Du Tour) : доклад, тезисы доклада [доклад, тезисы доклада, статья из сборника материалов конференций]2018, МНСК-2018: Биология
- Комплекс предобработки ридов NGS : регистрация программы для ЭВМ [патент]2017
- СБОРКА И АННОТИРОВАНИЕ ГЕНОМА ЛИСТВЕННИЦЫ СИБИРСКОЙ : доклад, тезисы доклада [доклад, тезисы доклада, статья из сборника материалов конференций]2017, Высокопроизводительное секвенирование в геномике
- De novo assembling and primary analysis of genome and transcriptome of gray whale Eschrichtius robustus : научное издание [статья из журнала]2017, BMC Evolutionary Biology
- РАЗРАБОТКА МИКРОСАТЕЛЛИТНЫХ МАРКЕРОВ ЛИСТВЕННИЦЫ СИБИРСКОЙ (Larix sibirica Ledeb.) НА ОСНОВЕ ПОЛНОГЕНОМНОГО de novo СЕКВЕНИРОВАНИЯ : научное издание [статья из журнала]2017, Генетика
- Development of Microsatellite Genetic Markers in Siberian Larch (Larix sibirica Ledeb.) Based on the de novo Whole Genome Sequencing : научное издание [статья из журнала]2017, RUSSIAN JOURNAL OF GENETICS
- ФУНКЦИОНАЛЬНАЯ АННОТАЦИЯ ГЕНОМА ЛИСТВЕННИЦЫ КАК ПОДХОД К ПРОЯСНЕНИЮ МЕХАНИЗМОВ ФОРМИРОВАНИЯ ВАЖНЫХ ГЕНЕТИЧЕСКИХ ПРИЗНАКОВ : доклад, тезисы доклада [доклад, тезисы доклада, статья из сборника материалов конференций]2017, Сохранение лесных генетических ресурсов
- Программа для индексирования геномных последовательностей большого размера методом "FM-index" на графических ускорителях : регистрация программы для ЭВМ [патент]2016
- STUDY OF ARMILLARIA BOREALIS PATHOGENICITY BY THE COMPARATIVE WHOLE GENOME SEQUENCING : доклад, тезисы доклада [доклад, тезисы доклада, статья из сборника материалов конференций]2016, The tenth international conference on bioinformatics of genome regulation and structure\systems biology
- SEQUENCING OF CONIFER GENOMES USING NGS : доклад, тезисы доклада [доклад, тезисы доклада, статья из сборника материалов конференций]2016, The tenth international conference on bioinformatics of genome regulation and structure\systems biology
- Разработка микросателлитных маркеров сосны кедровой сибирской (italicPinus sibirica/italic Du Tour) по результатам полногеномного italicde novo/italic секвенирования : научное издание [статья из журнала]2016, Генетика
- ПАРАЛЛЕЛЬНЫЙ АЛГОРИТМ ФИЛЬТРАЦИИ ПОВТОРОВ В ДАННЫХ NGS ILLUMINA : научное издание [статья из журнала]2016, Доклады Академии наук высшей школы Российской Федерации
- Development of Microsatellite Genetic Markers in Siberian Stone Pine (Pinus sibirica Du Tour) Based on the de novo Whole Genome Sequencing [статья из журнала]2016, RUSSIAN JOURNAL OF GENETICS
- Программный комплекс для определения размера библиотек (insert size) парных ридов NGS Illumina : регистрация программы для ЭВМ [патент]2015
- Программный комплекс по подготовке ридов NGS Illumina к ассемблированию : регистрация программы для ЭВМ [патент]2015
- CHALLENGES OF ASSEMBLING HUGE CONIFER GENOMES : доклад, тезисы доклада [доклад, тезисы доклада, статья из сборника материалов конференций]2015, Plant Genetics, Genomics, Bioinformatics and Biotechnology
- THE WHOLE DE NOVO GENOME SEQUENCING AND ASSEMBLY OF SIBERIAN LARCH (LARIX SIBIRICA LEDEB.) AND SIBERIAN PINE (PINUS SIBIRICA DU TOUR.) : доклад, тезисы доклада [доклад, тезисы доклада, статья из сборника материалов конференций]2015, Plant Genetics, Genomics, Bioinformatics and Biotechnology
- DE NOVO SEQUENCING OF CONIFER MEGAGENOMES : доклад, тезисы доклада [доклад, тезисы доклада, статья из сборника материалов конференций]2015, Plant Genetics, Genomics, Bioinformatics and Biotechnology
Гранты
- Геномные исследования основных бореальных лесообразующих хвойных видов и их наиболее опасных патогенов в Российской Федерации
№ 14.Y26.31.000
Авторские свидетельства
- Программный комплекс по подготовке ридов NGS Illumina к ассемблированию. № 2015619381, дата регистрации 01.09.2015 г. Авторы: Шаров Вадим Витальевич, Цыбин Александр Николаевич, Маколов Степан Викторович, Кузьмин Дмитрий Александрович.
- Программный комплекс для определения размера библиотек (insert size) парных ридов NGS Illumina. №2015662065, дата регистрации 16.11.2015 г. Авторы: Шаров Вадим Витальевич, Путинцева Юлия Андреевна, Кузьмин Дмитрий Александрович.
- Программа индексирования геномных последовательностей большого размера методом «FM-index» на графических ускорителях. № 2016663584, дата регистрации 13.12.2016 г. Авторы: Шаров Вадим Витальевич, Путинцева Юлия Андреевна, Кузьмин Дмитрий Александрович.
- Комплекс предобработки ридов NGS. №2017610541, дата регистрации 12.01.2017 г. Авторы: Шаров Вадим Витальевич, Маколов Степан Викторович, Кузьмин Дмитрий Александрович.
Список публикаций выше сформирован в автоматическом режиме. Сообщите, если заметили неточности.